In de Ariège, een streek in de Franse Pyreneeën, is de bruine beer geherintroduceerd in de natuur, op een plek waar herders traditiegetrouw ’s zomers hun schapen weiden. Tegelijk met de berenpopulatie groeit de overlast en het ongenoegen van de veehouders – wier schapen en koeien met regelmaat slachtoffer worden.
Yves is een van de oude herders die wordt gevolgd bij zijn lastige taak een opvolger te vinden. De jonge Lisa is bij hem in de leer en vergezelt hem op prachtige tochten door het spectaculair mooie berglandschap. Ondertussen is de jonge Cyril, zoon van een boer, geobsedeerd door zijn verlangen een beer te zien – hij ambieert een loopbaan bij de natuurpolitie, die zorgt dat herders en jagers de beren niet afschieten.
The Shepherd and the Bear is, mede door de muziek, een immersieve ervaring in de schitterende natuur, waar de camera dagenlang de personages en hun schapen en honden volgt. Daarnaast toont de film verhitte discussies en confrontaties tussen voor- en tegenstanders van de beer, en daarmee de complexe problematiek van natuurbeheer.