De Australische Jordan Bryon, een ervaren journalist en filmmaker, verblijft al vijf jaar in Afghanistan wanneer de Amerikanen zich in 2021 terugtrekken uit het land en de Taliban de macht overnemen. Die transitie valt min of meer samen met zijn eigen fysieke veranderingen: als trans man is hij begonnen met testosteron-injecties en in afwachting van een operatie.
Voor een verslag voor The New York Times krijgt Bryon toegang tot een Taliban-eenheid. Terwijl hij daar filmt en als man onder de mannen geaccepteerd wordt, worstelt hij met de morele implicaties van zijn keuzes. Wanneer hij zijn trans-identiteit zou onthullen, zou dat hem onherroepelijk in gevaar brengen. Tegelijkertijd voelt het als bedrog om er niet eerlijk voor uit te komen. De acceptatie is bovendien verwarrend, omdat het tot sympathie leidt voor de Taliban, die hij om hun denkbeelden zou moeten haten en vrezen.
Transition is een verslag vol paradoxen en een kijkje in het uitzonderlijke leven van een trans man, die niet alleen wordt gevolgd in Afghanistan, maar ook terug in Australië bij vrienden en familie.