Alfredo Stroessner, die in 1954 via een staatsgreep aan de macht kwam, heerste tot 1989 met zijn Coloradopartij met ijzeren vuist over Paraguay. Under the Flags, the Sun illustreert met uitsluitend archiefmateriaal de propagandamachine rond de langst zittende dictator in de Zuid-Amerikaanse geschiedenis.
Herkenbaar van andere dictators is de in de media gecreëerde persoonlijkheidcultus rond de man, die in liedjes de hemel wordt in geprezen. Met een soundtrack van vaak onheilspellende, rommelende geluiden levert de film subtiel commentaar op het gepropageerde beeld van de Paraguayaanse bevolking als één grote harmonieuze familie.
De meedogenloze repressie van burgers die streden voor sociale rechtvaardigheid blijft in de propaganda vrijwel buiten beeld. Een parallelmontage plaatst een zeldzame opname van het neerslaan van een demonstratie naast de adoratie voor de “nobele” leider, die voormalige nazi-kopstukken als Josef Mengele een gastvrij welkom bood in Paraguay. De kroniek eindigt met de staatsgreep die Stroessner uiteindelijk ten val bracht, gevolgd door de onthutsende slachtofferaantallen van zijn bewind.
